لعبت مدينة الشحر التي حلت في بداية العصر الإسلامي مكان ميناء قنَا القديم دور بوابة حضرموت على المحيط الهندي لأكثر من ألف عام (632م–1915م). وقد جاء ذكرها في عشرين مصدراً من مصادر العصر الإسلامي الوسيط على أنها إحدى ممالك شبه الجزيرة العربية وأهم المنافذ البحرية بين عدن وعمان وبين الساحل الجنوبي للجزيرة العربية وأفريقيا والهند. في عام 1915م، حلت مدينة المكلا محل مدينة الشحر (انظر خريطة من إعداد هاردي وروجيل)، إلا أن مدينة الشحر في عام 2007م كانت لا تزال محتفظة بإطلال منشأتها الإسلامية في حي القرية القديم المتاخم للميناء الجديد الذي تم تشيّده في عام 2006م. وقد تم التعرف على تلك الأطلال بفضل الجهد الحثيث الذي قامت به الهيئة العامة للآثار والمتاحف GOAM في كل من المكلا وصنعاء إلى جانب عمل البعثة الفرنسية بهدف حماية الموقع من المستثمرين.
تم الحفر في هذا القطاع الأثري الذي يمتد على مساحة مقدارها هكتاراً واحداً خلال الحملات الأثرية الخمس في الفترة ما بين 1996م و2002م، في حين كرست الحملة السادسة عملها في عام 2007م كمرحلة أولى بدارسة المواد الأثرية للموقع. وقد أثبت علم الآثار بأن تاريخ تأسيس المدينة يعود إلى عام 780م وإلى وجود استيطان شبه مستمر حتى يومنا هذا في تل القرية. ومن خلال المسح الطبقي تم العثور على 15 طبقة استيطان تندرج ضمن عشرة مراحل زمنية رئيسية.
بداية العصر الإسلامي حلّ ميناء الشحر محل ميناء قنَا.
